Supongo que has cambiado un AVR por otro, ¿verdad?.

Pudiese ser una señal de interferencia electromagnética que se cuela a la señal que envía el AVR hacia el subwoofer, pues sucede cuando conmutas el canal o apagas/enciendes otros equipos conectados al AVR.

Repasa el cable, y sus conexiones, entre el AVR y el SW. Si puedes cambialo por otro, tipo Coaxial RCA-RCA, aunque para probar te puede valer cualquiera otro de audio RCA-RCA. Pudiera no estar haciendo masa bien.

Revisa que ese cable entre el AVR y el SW, y el resto de los que llegan al AVR, no tocan sus extremos, ni están muy cerca de otros de alimentación de corriente.

Por último, si nada de lo anterior evita el ruido, prueba a bajar la ganancia de la señal de salida para el SW en tu AVR, incrementando luego el volumen en el SW para compensar (en el menú de Yamaha, en la configuración de altavoces verás que ganancia tienes para el SW).