Por los altavoces del ampificador lo que sale es una señal analógica.
En el resto de la cadena, mientras la entrada esté en formato FLAC y las conexiones sean digitales y los aparatos soporten FLAC, seguirá en FLAC hasta el aparato que convierte a analógico, en este caso entiendo que tu DAC, cuya salida analógica es la que tienes conectada al amplificador.