Habitualmente (o al menos así funciona en mi AVR del año de la pera), si el AVR detecta un audio en Dolby Digital 5.1 o DTS se pone automáticamente en el modo Dolby Digital o DTS respectivamente. Y de ahí no lo deberías mover.

Me parecería raro que el Onkyo no funcione así. El resto de modos de escucha (ProLogic, DTS Neo ...) habitualmente se usan para conseguir sonido por todos los altavoces a partir de una entrada estéreo (algún modo simplemente saca el mismo sonido por todos los altavoces, otros intentan separarlo en canales ...).

De los otros que citas el Pure Audio sólo saca sonido por los frontales, desactiva todo tipo de procesado de audio y vídeo (vamos, el Audyssey no funcionaría en este modo) e incluso desactiva la salida de subwoofer, creo.

Los THX funcionan más o menos como el DD 5.1 y el DTS, pero aplican cierta ecualización al sonido, para adaptarlo a los estándares de THX. Por lo que he leído, si usas la calibración de Audyssey, sólo deberías usar los modos THX si has seleccionado la curva "Flat", si has seleccionado la curva "Audyssey" la ecualización que realiza el modo THX (va bajando la intensidad de los agudos según aumenta la frecuencia) sería redundante.

Vamos, que lo suyo es usar Dolby Digital (o DTS) o probar con el THX cinema a ver si te convence maś.

Saludos.