El "estandar" 80Hz es probablemente recomendado porque a partir de esa frecuencia el sonido no se localiza, y por tanto puede ser reproducido por en un solo altavoz el procedente del resto.

Sin embargo al tener altavoces que bajan más, como tus frontales, tienes la posibilidad de bajar la frecuencia del filtro, generalmente hacia el inicio de la caida de la intensidad de respuesta (si se tienen las gráficas de esos altavoces), sino se situaría en la frecuencia de cruce superior al límite de los -3dB (en tu caso, al ser 47 Hz, la frecuencia a elegir sería la de 60 Hz u 80Hz). En el resto de altavoces harías lo mismo (suponiendo que puedas elegir un crossover distinto para cada uno).

En muchos SW, si tienen conexión LFE específica, esta no se ve afectada por la frecuencia de corte que elijamos en el SW. No se si lleva esa conexión y si sucede así en tu SW, pero en cualquier caso, como el canal LFE lleva frecuencias hasta 120Hz (Dolby) este debería ser el límite del crossover en el SW. Al no estar rotulado, lo dejaría en 150Hz.

Con la fase, la dejaría en 0º, pues aunque pudíeramos acercarnos al decalaje en la fase que corresponden esos 20 cm de distancia para cada frecuencia/longitud de onda en tu sala, no creo que sea apreciable, algo que puedes comprobar.

Cuando dices que tienes conectado el BR al AVR por componentes, supongo que te refieres a las conexiones RCA entre salidas y entradas analógicas. Si es así, y si no estoy confundido, solo funcionará la configuración que pongas en el lector, pues el AVR solo se encargará de amplificar esas señales.