Bueno, yo no soy profesional, pero igual te puede valer lo que te diga.

Los sistemas Bose suele recibir la señal en su Subwoofer, quien filtra las frecuencias para enviar a los cubos aquellas superiores al corte que ellos establecen (supongo que alrededor de 200Hz) y el resto se lo queda el SW.

Si deseas poner de frontales unas columnas y usar de central, surround y altavoces en altura los cubos, junto al SW Bose, lo que yo haría es:
  • conectar a la salida de frontales del AVR dichas columnas
  • las salidas para surround back (que supongo serán las usadas por el Dolby Prologic IIz para dar salida a los altavoces de altura) conectarlas, como si fueran la de los frontales, a las entradas para frontales del SW, y los cubos "frontales" ponerlos como altavoces de altura.
  • el resto de conexiones, central y surround, desde sus salidas del AVR a sus entradas respectivas en el SW, así como la salida del AVR para el SW

Ahora toca que la autoconfiguración haga bien las cosas, que elija los cortes adecuados, pues el sistema Bose está pensado para que todos las frecuencias vayan a cada uno de los altavoces, configurándose como Large (aun siendo muy small ) todos los altavoces, pues el crossover lo hace el propio SW.

Si lo pones así, cuenta qué ha seleccionado para cada canal (si small y qué frecuencia de corte) el autoconfigurador. En el caso de que Audyssey decida ponerlos en small, no pasa nada, pues esa señal inferior al corte la dirigirá también al SW a través de la salida del AVR para SW. Bueno, creo que te estaré liando, ya iras contando.

Añado, el central Bose será muy discordante en sonido respecto a las columnas, y si te sitúas bastante centrado en la escucha es probable que se oiga mejor sin central (quitando la salida para central del AVR, repartiendose así la señal del central entre los dos frontales) que con él, todo es probar.