Al cambiar la polaridad de los Focal estás desfasando los altavoces, por eso te suena mal y por eso te da error la calibración. Prueba a cambiar la polaridad de los traseros y seguro que vuelve a sonar bien... o cambia de nuevo los frontales.

Lo de que te suene bien el Stereo Multichannel, no es de locos, simplemente otra opción y una forma más de disfrutar del equipo y de la música. Todo depende del momento e incluso del tipo de música. Yo en el DSP Stereo Multichannel desactivo la ganancia del canal central, de esta forma solo reproducen los frontales y los traseros y siguen creando una escena muy estéreo pero potente (no sé si es lo que antes se llamaba cuadrofónica). Ahora bien, el estéreo típico de los dos canales frontales (o añadiendo un subwoofer) es una delicia... más delicado que el multi y más para saborear. Todo tiene su punto.

Saludos