Los metadatos de un mkv los puedes editar con la herramienta "mkvmerge GUI" pero solo podrás cambiar titulo, nombre de subtitulos, pistas de audio o editar capítulos. Para todo lo demás es mejor por ejemplo Plex que a partir del nombre de la película te descarga sobre la marcha todo lo demás. Para lo de crear las carpetas por separado te recomiendo el que yo utilizo "tiny Media Manager". Vamos este programa no te crea las carpetas pero te permite descargar las caratulas, sinopsis y demás en la carpeta de cada película.