Lo mejor desde mi punto de vista es conectar el HTPC por HDMI al Onkyo directamente, del Onkyo pasas el video a la TV por HDMI y el audio sale por los KEF. Yo lo tengo de esa forma.
Luego en Windows saco el sonido por passthrough siempre que puedo, directo sin que decodifique nada (o lo menos posible por software) y que sea el AVR el que haga el trabajo.