Sí, es recomendable poner los altavoces en Small aunque sean columnas salvo rarísimas y carísimas excepciones.
Una cosa es el canal LFE y otra el modo LFE que trae el AVR. El canal LFE es un canal dedicado exclusivamente a las frecuencias más bajas normalmente en cine y suele tener una ganancia de 10 dB con respecto a los otros canales. El AVR va a detectar si hay subwoofer, que es el que va a reproducir ese canal (si no lo hay lo redirigirá a los frontales). El modo LFE en el AVR cuando los altavoces están en Small o pequeño va a redirigir las frecuencias por debajo del crossover seleccionado para los altavoces al subwoofer (que seguirá reproduciendo igualmente el canal LFE). Si los altavoces están en Large o grande no se redigirán esas frecuencias al subwoofer y éste reproducirá sólo el canal LFE.