La calibración interna del sub sólo va a optimizar hasta donde tengamos puesto su LPF, después está la respuesta de los altavoces en graves, también afectados por la sala. En principio la respuesta más uniforme la dará con Audyssey activado pero como has indicado hay que probar qué configuración suena mejor. Hay que recordar también que más homogeneidad se conseguirá siempre que estén optimizados, colocados en cualquier sitio sin optimizar puede incluso empeorar el panorama.