El problema de lo que comentas es que no es la misma posición espacial en cada caso, más allá de elegir empotrable o de superficie. Y si alternas entre ambas sin mover la posición de los altavoces de altura como planteas, en función de la sala, la distancia de cada altavoz de altura respecto a lo que "entiende" el AVR que tiene según la configuración que se le indica, el efecto 3D reproducido será más o menos real, o preciso si lo prefieres.
Que se puede hacer y sirve como "apaño" es cierto, pero que si buscas una sensación 3D lo más real posible, habrás de elegir y disponer los altavoces de altura para un sistema concreto: Auro 3D o Atmos. En cualquier caso, si pruebas esta alternancia y te gusta el efecto logrado, aunque no sea lo preciso que debiera (o se ubique espacialmente el objeto donde realmente se quería ubicar) no hay más que hablar, en definitiva esto es muy subjetivo.
Saludos.