Por lo que parece, las salidas de audio digital de las TV (no te puedo asegurar que todas) no transmiten exactamente aquello que reciben por sus entradas de audio.
Por ejemplo, si envías sonido Dolby 5.1 al TV desde la salida HDMI del DVD, el TV envía solo señal estéreo al AVR, y aunque este la pueda convertir en 5.1 mediante Dolby Prologic, no es lo mismo.
Por tanto siempre tendrás que conectar una salida de audio digital, desde los lectores o sintonizadores que envíen señal multicanal, de manera directa al AVR. Sería el caso del DVD y la PS3 (el deco Ono si no sintoniza señal Dolby multicanal y no tiene salida digital iría solo al TV por Scart).
Esa conexión de audio puede ser óptico/coaxial o HDMI. Solo precisaría conectar por HDMI en el caso de que uses la PS3 como lector BR y quieras oir los formatos PCM multicanal (y Dolby True-HD o DTS-MA convertidos a PCM multicanal), los cuales solo salen por HDMI de la PS3.
En ese caso el AVR tiene que captar sonido desde la conexiónes HDMI, no todos lo hacen.
Por último, leete algunos hilos sobre estos formatos de sonido (sala HD) y verás que se discute su relevancia, siendo un limitante para su apreciación el nivel de calidad de los altavoces.