Decir que es un mkv es como decir cualquier cosa: no dice nada. Es más pruébalo por ejemplo con verde. Ponle de extensión, en vez de .mkv, le pones .verde y lo abres con el MPC y verás. Tengo un archivo verde que no veo el video.
No nos dices como está codificado el video, que es lo que no va ¿no?. El audio ya sabemos que va y no necesitamos saber su codec.
Deberías darnos el informe del mediainfo.
Saludos.