Pues si quieres ver MKVs de alta definicion con un DVD con usb, lo llevas claro.
Supongo que cualquier reproductor capaz de leer MKVs por usb, podra leerlos correctamente desde un pendrive formateado en NTFS (que no se si todos lo admiten), siempre que este sea lo bastante rápido (nunca me ha dado por probar, tampoco tengo un pendrive con tanta capcidad aún). De todos modos en algun sitio tendras que almacenar los MKVs, así que al final tendras que comprarte un disco duro externo (o varios).
Lo del dts no tienen nada que ver con el soporte, la desincronización puede ser por problemas de lectura, pero no necesariamente. ¿Que estabas usando como reproductor?