Estás comparando dos discos distintos, el mismo disco con USB 3.0 en lugar de USB 2.0 debería tardar como muy poco la mitad...
Es como si comparo un disco SATA 1.0 (150 MB/s) y uno SATA 2.0 (300 MB/s), el de 300 es mucho mas rapido pero será porque es mucho mas nuevo y tiene una densidad de datos mayor no porque sea SATA2, de hecho si lo limitas a SATA 1 dará la misma transferencia pq ningún disco que no sea SSD supera los 150 MB/s
Saludos