Yo empecé igual que tu. Micro de AVR y portatil por hdmi.
Para medir cada canal te recomiendo que instales asio4all. Así en el output puedes elegir cada canal independientemente.
En el input tienes que elegir el micro que has conectado.
Al final he acabado comprando el Umik, te evita la calibración de la tarjeta de sonido al ir por usb, tampoco requiere calibrar spl y tiene su propio fichero de calibración.
Entre asio4all y el Umik medir es coser y cantar.
Saludos!