Uff, tengo muy oxidada la configuración del MCACC, hace literalmente años que no toco la mía, no obstante te comento mis impresiones:

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1) como veis, la configuración del central ANTES parece que era mejor que DESPUÉS. ¿como puedo ajustarlo bien? ¿pruebo de nuevo con otro retardo? 30-50 ms por ejemplo o algo así?
No estoy del todo seguro de que efectivamente sea mejor el antes que el después...Todas las bandas con excepción de 2 (diría que la de 63 y 250hz) aparecen ahora más juntitas a lo largo de todo el eje temporal. Yo probaría a ajustar a la baja (-2/3 dB) ambas en modo manual.

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2) que frecuencias debería ajustar en cada altavoz? Me refiero a las que suben o bajan respecto a las demás. Por ejemplo la amarilla que hay al final del SL o la naranja que sube por encima en el SR
En términos generales creo que es preferible que atenues (bajes) a que subas.

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3) en cuanto a las ondas estacionarias.. no se como se ajustan, nunca lo he hecho Vi la tabla que ponía Pablo al principio pero no se que hay que tener en cuenta para variar los datos que salen.
Aquí, sin medir con un software externo tipo REW poco se puede hacer. Hay que conformarse con lo que calcula MCACC o ir probando "a oreja".

Como MCACC tiene 6 memorias (al menos en mis receptores Pio, igual en los más recientes hay más), es buena idea repetir la calibración con diferentes ventanas temporales y almacenarla en cada una de ellas. Luego haces un ajuste fino mirando las curvas de las gráficas de reverberación. Después reproduces algo y desde el mando a distancia vas cambiando el preset MCACC al vuelo (la conmutación es muy rápida) y decides cuál te gusta más.