Buffff.. a ver.
Tienes conectado de forma digital (optica-coaxial) del dvd al ampli, pq si no es asi no podras oir ningun formato digital de 5.1 (dolby o dts).
Las conexiones mas importantes que tienes que hacer son... conexion digital del dvd al ampli, y luego por euroconector del dvd a la tv, si tienes salida por componentes en la tv o hdmi pues por esa.
Luego conectar los 5 altavoces (verificalos) y el subwoofer a la salida pre-out del yamaha.
Otro cable que vaya de la salida monitor out (yamaha) a la entrada de video del tv (s-video, video compuesto, etc).. yo utilizo el cable amarillo del yamaha a la entrada lateral de la tv.
Debes hacer la calibracion, no por esta ultima, mas bien por la conexion correcta de los altavoces (wiring) y comprueba una que vez que termine viendo lo resultados en la tv que no te da ningun error (con un numerito entre parentesis).
Aparte en el dvd debes tener activada la salida digital si no el amplificador no te reproducira la señal.

Y los dsp´s que de momento tienes que ulilizar, mas adelante enredas, * es el de standard, ahi podras alternar entre dolby digital y dts (siempre que lo que reproduzcas tenga ese formato). Para escuchar cd´s el modo que debes utilizar es el stereo, tiene dos modos uno 2ch stereo y el otro 7ch stereo (reproduciran señal stereo todos los altavoces que tengas conectados), si los altavoces son de una minima calidad te recomiendo el pure direct... la señal llega lo mas limpia posible, sin ningun tipo de distorsion ya que desactiva todas las conmutaciones de video y demas.

Espero haberte ayudado algo.. si tienes mas dudas por aqui o por privado.

Saludos y suerte... estas cosas solo ocurren durante los primeros 5 años... *