La fase del sub respecto a las cajas también podría influir (sobretodo en la zona de cruce), pero donde creo está su principal problema es el hecho de haber cambiado a "mayor sala + mayor distancia cajas/oyente" por lo que comenta de que no se solucionaba con la EQ... pero sí ha mejorado acercando algo el sillón y separando más las cajas de las paredes.
Si prefería un sonido como el de antes de cambiar a una sala mayor + haber alejado el punto de escucha, lo que principalmente más eche de menos sea una sala más seca.
Un saludete