Lo mínimo entre cajas y pared trasera es en torno a 1 metro: de ahí para atrás (o sea menos distancia), perdemos "escena" y empiezan los problemas de graves.
Ese metro no es tan difícil incluso en pisos y salas no muy grandes... siempre que seamos capaces de convencerla a "ella".

Lo de los "tapones", fíjate que algunas marcas los incluyen (BW) en muchas cajas y animan a probarlos. Así que no es "perjudicial", y si tapas mucho lo que pasa es que la caja se convierte en cerrada ("infinite baffle" en terminología técnica anglosajona).

Saludos