Hola, sherpek.
He comprobado que cuando empiezas a reproducir un .mkv, si pulsas el qmenu y vas a las opciones de subtitulos, están desactivadas. Pero si avanzas un poco la peli y vuelves a entrar en las opciones, ya puedes elegir los subtitulos. Parece que tarda un poco en reconocerlos. Si aún así, sigues sin verlos, usa algún editor de mkv (el mkvmerge, por ejemplo) y en el subtitulo que quieras que aparezca pon la opción "pista predefinida" en "Sí".
Saludos.