Como dice Jamondulce, es posible que hayas cambiado algún cable SATA de orden a la hora de conectarlo en la placa base y la Bios quiera iniciar Windows desde un disco distinto al que tenías antes. Sobre todo al quitar la pila que deja la placa con los ajustes preestablecidos.

Yo también dejaría únicamente el disco donde está Windows (imagino una unidad M.2) y ya iría agregando todo lo demás a partir de ahí.

Un saludo del Oso