Bueno, me autorespondo y espero que te pase como me ha pasado a mi...

Aunque me da vergüenza contarlo, el problema por el que mi PowerDVD 13 no leía los BD3D era ni más ni menos que PORQUE NO HABÍA HABILITADO EL BOTÓN 3D!! En la pantalla de reproducción aparece un 3D con un fondo azulado y creí que ya estaba activado por defecto (por el azul del fondo); lo he probado a pulsar y el fondo ha cambiado a un vértice de un cubo en azul y he ahí el 3D.

Bueno, espero que tu problema sea tan simple/tonto como el mío.

Por lo que comentas entiendo que activas el modo 3D del TV y no es así, es el PowerDVD quien active y muestre tan solo el video en 3D. El resto del escritorio se debe de ver en 2D.

Saludos.