Hola amoncruz,
No es normal que los altavoces traseros apenas suenen, en un 5.1 todos los altavoces suelen sonar, y si bien es cierto que en algunas escenas puede oírse algo solo por los frontales o solo por los traseros (que para eso es 5.1), todos los altavoces tienen, digamos... el mismo protagonismo en la reproducción, no tendía sentido tener dos altavoces para que solo se oyese el cerrar de una puerta y otro efecto en contadas ocasiones.
Siempre que la barra sea capaz de decodificar el formato de audio que estés usando, lo ideal es que sea la barra la que lo descodifique, enviándolo el HTPC sin procesar, en passthrought, bitstream o como queramos llamarlo (posiblemente bitstream es más correcto).
Te diría que probases el XBMC a ver qué resultado te da.
Un saludo