El procesador, si lo vas a usar como centro de descargas y equipo para NAS, vería mejor un i3 con TDP de 35w, pero claro, tendrías que prescindir de la HD4000 y pasar a una HD2500, perdiendo así algo de calidad de imagen y el BD3D. En cuanto a potencia de procesador, cualquier i3 de cualquier consumo te valdrá, con que sea un i3 dual core a 2,5 ghz o incluso menos ya te vale para tirar de full-HD por procesador.
De placas Intel no se decirte mucho, pero tampoco creo que tengas que preocuparte, una placa con HDMI y las demás conexiones que necesites, y con un factor de forma que te quepa en la caja. Eso sí, si hay rumores de que un modelo en concreto es problemático.... (como lo que te comenta antoniopax).
La caja me parece estupenda, si te gusta, es todo un ejemplo de caja amplia por dentro y bien refrigerada en un espacio contenido.
De la fuente no te digo nada...jaja, y por supuesto, con 400w vas sobrado.
Por la anchura de la caja (210) te cabe un Scythe Ninja3, que es más barato que el noctua que pones y con más poder de refrigeración.
La memoria, me parece una burrada 16gb, con 8 vas ya sobrado.
En cuanto a disco duro, los red hasta donde yo se son el mismo disco pero garantizado para funcionar 24h, etc... no se yo hasta que punto sirve de algo pagar el extra del red, si se ha de romper, cualquiera es bueno (bueno para romperse digo).
El SSD, es un capricho que para un PC de uso normal está claramente justificado el gasto con los precios de hoy en día, para un HTPC... según el uso que le des. De todas formas si te digo que si quisieras usar uno de los WD de 3 teras como disco de sistema para Win7 tendrías problemas, se puede usar, pero es algo complicado por la limitación del GPT.
En cuanto a lo que comentas después del tamaño, creo que no hay que obsesionarse con el tamaño, la caja de mi HTPC admite placas ATX (aunque tengo una microATX). Pero igual que te digo una cosa te digo la otra: no le veo sentido a una placa ATX, porque los slots de expansión jamás lo usarás, con una microATX es más que suficiente.
Después de todo esto, quiero añadir que ya como preferencia personal, si lo que buscas son dos máquinas como comentabas en otra rama, las dos para ser usadas como HTPC pero una de ellas para NAS y servidor de descargas, yo posiblemente montaría una con un Zacate E450 (la que además de HTPC haría de servidor) y otra con un Trinity (más potencia, algo más de consumo, pero sin problema alguno ya que no estaría siempre encendido).
Un saludo
EDITO: Por cierto, Evaso, el otro día abriste dos ramas diferentes, te he contestado a esta pero me he puesto a buscar la otra para contestarte a ella también y no la encuentro, es que la has borrado o que?