No se si te he entendido del todo bien, pero por lo que te leo te hago un par de apuntes, las placas bases tienen 2 tipos de registro 1 valores de temperatura de la cpu y el otro los valores de temperatura de la placa, si wntras en las opciones de la bios veras que puedes configurar los 4 puntos con valores independientes ya es cuestión de que juegues con los 4 conectores como mejor te interese



Por lo que puedes poner los ventiladores de CPU connunos valores y los de los HDD con otros indistintamente

Un saludo