Hola Laratza,

El proceador/APU, ram y disipador pónlos antes de meter la placa base en la caja (en ese orden además), en cuanto a los cables por debajo, yo por ejemplo siempre cuido mucho ese aspecto, pasando los cables del audio frontal y conexiones por debajo de la placa y los USB cuando procede, para así dejarlo todo lo más despejado y ordenado posible, pero no es estrictamente necesario ni mucho menos.

Si vas a instalar Windows plantéate si realmente necesitas Linux, te quiero decir con esto que muy posiblemente todo lo que quieras hacer con el HTPC lo puedas hacer con Windows, con lo que no tiene mucho sentido (más allá del gusto por aprender y "cacharrear") instalar además Linux.

Para formatear el disco duro puedes hacerlo con Windows, con el administrador de discos, no necesitas un programa de terceros.

En los Red no hay que reconfigurar el aparcado, viene ya de fábrica deshabilitado.

PowerDVD, así como Total Media Theatre, reproducen BD3D, aparte puedes instalar XBMC, que es muy atractivo y con sus add-ons puede tener una funcionalidad estupenda, te aconsejo instalarte el skin Aeon Nox 4 para empezar.

Saludos