Buenas,
Ya he conseguido hacer unas pruebecillas y te comento.

Puedes conectar el HDMI a una de las entradas del onkyo y sacarlo hacia la tele. Supongamos que ya tienes el DVD conectado por HDMI al Onkyo en HDMI1
Para eso tienes que irte al menú en asignación de entradas salidas y:
1. Activas lo de monitor out.
2. Asignas el HDMI2 a alguna de las entradas, por ejemplo GAME/TV. En el HDMI2 conectarías el HTPC.

Esto por defecto también tomaría el audio del HDMI. Aunque para comprobarlo vas a Digital Inputs (o algo así) y compruebas que el GAME/TV tenga asignado el HDMI2 (ojo que no es el mismo menú de antes). Si ya estás enviando el audio por el HDMI debería funcionar.

Si te pasa como a mi que todavía no consigo enviar el audio por el HDMI de la ATI , en el menú de Digital Inputs asignas a GAME/TV OP1 que es dónde conectarías la fibra desde la tarjeta (es como lo tengo ahora)
De esta manera cuando selecciones la entrada GAME/TV en el Onkyo, tomaría la señal de video del HDMI2 y el audio de la óptica (OP1)
No te preocupes por la calidad del video que no se ve alterada, el Onkyo hace de "puente".

La placa base que te comento es una gozada, aunque si también quieres jugar no sé si se quedará cortilla, para video HD, en formato que permita aceleración va de lujo. Es la "placa de moda" en HTPC.
Comentarte tb que permite hacer crossfire con otra gráfica ATI (aunque habría que comprobar los modelos)
El chipset de audio Realtek cumple su función, y tienes salida de audio por óptica. A ver si te pongo algún enlace a análisis de la placa.

No sé si la nomenclatura de los menús es exactamente así, que ahora no lo tengo delante

Saludos