Pues en teoria podria funcionar.

El programador de arduino lo puedes instalar en linux, necesario para que te creee el puerto virtual.
El software de captura prismatik tambien lo puedes instalar en linux.
Puedes probar a instalarlo todo y ver si se comunican, antes de lanzarte.

A partir de aqui yo ya no te puedo ayudar mas, linux y yo como que no nos llevamos muy bien.