Buenos días Montorez,
No es por los núcleos, de hecho la potencia de CPU de un i3 (2 núcleos + HT) es similar o incluso superior en algunos casos a un AMD A8 (dos módulos piledriver, vendido como 4 núcleos). El intel tiene menos núcleos, pero cada núcleo es mucho más potente que un núcleo del AMD.
La cuestión es que tanto uno como otro son más que decentes y suficientes para uso como HTPC, pero la VGA del AMD es superior, y esa es la razón de que sea preferible en mi opinión (siempre que usemos Windows)
El TDP de la APU que sea 65w, y si puede ser menos, mejor, pero vamos, 65w está bien, con un disipador como el Shuriken 2 lo podrás tener fresco y totalmente silencioso.
Hasta la aparición de los procesadores con la VGA integrada (los AMD Llano en FM1 y los primeros intel también con VGA integrada) cuando se hablaba de VGA integrada, estaba integrada siempre en la placa base (en el northbridge)
Sí, cualquiera de las 3 iría bien con esa fuente.
Con 4 Gb vas bien, y siempre puedes ampliar después.
Si vas a usar el disco duro para disco de sistema no compres uno de más de 2 teras. Y en cuanto a más pequeño, en ningún caso merece la pena, el ahorro de precio es muy pequeño y siempre vienen bien esos 2 teras.
El Red es básicamente un Green que trae de fábrica la reconfiguracion del tiempo de aparcado de cabezales, con lo que a no ser que la diferencia de precio fuera muy pequeña, yo montaría un green.
Si no lo vas a usar es un gasto inútil
La ML03 y la ML05 son básicamente la misma caja con diferente frontal, y en ellas va bien el Shuriken 2. En estas cajas no es imprescindible hacer la modificación, pero es un plus:
ENLACE. La verdad que no he probado temparaturas sin la modificación, siempre la hago, y se nota que el calor sale directamente en lugar de acumularse dentro de la caja.
En el caso de la GD04S puedes o bien poner el Big Shuriken 2 sin modificación (queda bastante espacio entre el ventilador del mismo y la chapa superior de la caja, o mucho mejor, poner un disipador más grande y hacer la modifiación. Con esta opción te garantizas que el procesador estará siempre "muerto de frio" y hasta podrías darte el lujo de poner uno con TDP de 100w. En este caso yo he estado montando el Scythe Zipang:
ENLACE, pero ya no está disponible.
Un buen sustituto sería el Kabuto II, que hace poco lo he montado en otra caja, pero no estoy seguro al 100% de que quepa en las GD04/GD05:
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Yo recomiendo siempre....
ENLACE 
, aunque no nos engañemos, si es solo para montar un equipo, te podrías ahorrar el gasto de un tubo entero, con la silicona que trae el disipador te vale, tendrás unos gradillos más de temperatura, pero bueno, si te quieres ahorrar esa compra....
Sí que se puede, yo de hecho lo pongo siempre en los equipos que monto.
Un saludo