En mi opinión cualquiera de las dos configuraciones dará un buen sonido, en cualquier caso superior al que dan los altavoces que suele ser el eslabón mas debil de la cadena. Has de tener en cuenta de que los Logitech no tienen tweeter sino un altavoz de medios-altos que no sube mucho en frecuencia. Tampoco bajan pues es un altavoz bastante pequeño pero en bajos apoya el subwoofer.

Las diferencias percibidas de calidad de sonido a favor de la salida de 3 cables estoy seguro que se deben a la diferencia de nivel, nuestros oidos tienden a engañarnos haciéndonos creer que lo que suena mas alto suena mejor.