Bueno, pues esto parece indicar que el problema está en que la manera utilizada por Apple TV para manejar el sonido Atmos, tiene una incompatibilidad con receptores Pioneer, o al menos con el modelo de Pioneer que tienes tú y algún otro.

Es una faena, pero a veces pasa. Sólo te queda esperar que Pioneer saque una actualización de firmware (los de Apple no van a cambiar nada), usar un AVR de otra marca, o prescindir de Atmos a través de la Apple TV...