Creo que tienes ideas confusas.

El ape es un formato de compresión de ficheros wav sin pérdidas. Dependiendo del tipo de fichero, la compresión oscila entre un 40% y un 60% en promedio. El tipo de fichero se distingue con la extensión .ape.

La compresión y descompresión de ficheros ape se puede hacer con el programa gratuito monkeysaudio que se baja de la web www.monkeysaudio.com. Muchos reproductores de audio llevan también codecs para descomprimir los ficheros ape (dB Power, Winamp, etc.).

Los ficheros .cue son unos ficheros especiales que incluyen los minutos y segundos en que se separan las pistas de un fichero de audio, sea .ape, .wav o lo que sea. Estas marcas están destinadas al programa grabador de CDS (Nero o el que sea) para que grabando por el método disc at once un sólo fichero de audio, sea capaz de crear automáticamente pistas diferentes.

Lo que ocurre con los ficheros .cue asociados a un fichero .ape es que el nombre del fichero al que se refieren tiene esta extensión precisamente. Por ejemplo si el fichero se llama CDimage.ape el cue CDImage.cue se refiere al anterior. Si con Monkeysaudio descomprimimos el programa y generamos el CDImage.wav (porque queremos pasarlo a un CD-R, por ejemplo), el fichero .cue no funcionará. Para que lo haga, tenemos que editar el fichero .cue y donde veamos el fichero con la extensión .ape, sustituir ésta por la extensión .wav. Guardamos los cambios y si el fichero wav y el cue están en el mismo directorio, asunto resuelto, con Nero pinchamos en el fichero cue y a quemar.

Stersa me enseñó a hacer esto, así que a él le damos las gracias.