Las frecuencias graves (aún perfectas) por definición se alargan más en el tiempo... luego si la caja baja menos normal parezca suena más "nítido" pero suele ser una nitidez falsa debida simplemente a una forma de curva diferente (en este caso que comentas por falta de graves)
En cuanto a si hace más la acústica o la EQ. Ambos hacen cosas diferentes pero complementarias. De promedio hace más la acústica en el sentido de que con una acústica agresiva hay que ecualizar mucho menos, en cambio por mucha EQ que añadas no quitas la coloración que añade la ambiencia de la sala (aunque sí mejoras la imagen estereo, el equilibrio tonal, las resonancias, por ejemplo).
Un saludete