Ok.
Una vez ajustada la frecuencia de corte juega también con las fases: en tu caso prueba con uno de los dos a 0 y el otro a 180 y entre los dos con msima fase (sea a 0 o a 180); ese cambio varía la fase relativa entre subs (y te dará como la respuesta de ambos "suman mejor" para obtener un sonido con menos altibajos). Posteriormente prueba enrte tal y como los has dejado y enrte invertir a la vez los dos: se cambo variará la fase entre subs y cajas (pero no el equilibrio de las fases entre subs que acabas de ajustar en el paso anterior).
Un saludete