Es muy raro que el automático no funcione, hay quien prefiere uno u otro, o no le gusta como lo deja, pero es que lo tuyo ya no es que lo deje mal, es que directamente no funciona.

Revisate el cableado lo primero. Yo hasta estaba pensando que al tener los altavoces tan descentrados te detectase mal la fase, pero no concuerda con que te deje las ganancias iguales a FR y FL

Si no conseguimos que funcione (raro sería, igual está estropeado el micro o algo), como dice Manuel, lo puedes hacer a mano

Yo te aconsejo que te bajes un sonometro para el movil, te sientes en el punto de escucha, y pases el tono de prueba en cada altavoz, ajustando las ganancias para que dé el mismo SPL en tu sitio para cada uno de ellos