Alucinante!!!, supongo lo habras conectado al Pre-Out de subwoofer del Yamaha no?.. y configurado en el menú que el subwoofer esta seleccionado.

Edito: veo que lo que digo no es, e leído mejor tu comentario, sorry...Prueba con el selector de auto, y mira que este conectado en la entrada correcta del sub, mira su manual.