La fase del sub por sí mismo no es importante, lo importante es la fase del sub vs la fase de los frontales.
Puede que haya una pequeña diferencia de fase downfire vs frontfire, pero puede que no, o que sea mínima.
Prueba las dos configuraciones, y lo que el oído te diga que te gusta más, será la más precisa en fase.
Lo mejor sería tener un micrófono, y un programa como CARMA, REW etc.
Haciendo sonar por ejemplo una columna junto con el sub, éste en diferentes configuraciones de fase, te mostrará la mejor respuesta en la zona de cruce ( 80 Hz típicamente ). Esa será la configuración de fases que debes dejar.