Si el subwoofer funciona aparentemente bien, creo que puede ser algún fallo de la salida de sub.. o una errónea configuración en el propio receptor.... Para salir de dudas yo haría un reset de fábrica del Pioneer y volvería a probar de nuevo con una configuración automática (conectar todos los altavoces y sub y lanzar el MCACC en modo Auto).

Un saludo del Oso