Imagino que no tienes en mente escuchar SACD, porque eso el ordenador no lo sabe reproducir como tal.
Según tengo entendido la mejor calidad que podrías obtener es reproduciendo el CD normal, evidentemente, o con FLAC, como tú dices, aunque no sé si el FLAC pierde algo con respecto al CD ¿Alguien entendido podría aclarar esta cuestión?