Lo primero es detectar que altavoz/ces están dando error de fase. Yo no cambiaría el cableado si estás seguro de que está bien conectado, pues algunos fabricantes cambian "a propósito" la fase de uno de sus drivers para mejorar el sonido, como es el caso de Focal en varios de sus modelos. En cualquier caso, por probar no pierdes nada ni estropeas nada, cambia el cableado del altavoz que te da error de fase y comprueba si mejora su sonido... si no es así, o empeora, déjalo con la conexión normal e ignora el mensaje de desfase. No te preocupes que el tema de fases solo afecta al sonido, para nada al ampli ni al altavoz.

Audyssey, como todos los calibradores, no deja de ser un "robot" que se ciñe a unos parámetros estandarizados... a veces hace las cosas bien, otras veces la caga (por eso es recomendable una vez pasado, anularlo, y comprobar como suena mejor) y otras veces da errores basados en esos parámetros preestablecidos, pero que no tienen por que ser errores reales.

Saludos