Pero bajarlo a cero un canal, equivale a eliminarlo para convertir una señal 5.1 en un 4.1 por ejemplo sin que haya pérdidas?

El mio (Sony), a parte de bajarlo a cero, permite quitarlo de la configuración decirle que no existe central para ese DSP seleccionado.
No conozco el Yamaha, nunca toqué uno 'por dentro'