Un poco extraño sí que es. Supongo que lo habrás hecho, pero, y por ir descartando cosas, ¿has probado a usar el modo "Direct" (Botón "Listening Mode"). En este modo el sonido de la fuente de entrada se emite directamente con un procesamiento mínimo, y todos los canales de audio de la fuente se emiten tal cual. Por si acaso además pulsa en el frontal del aparato el botón "Pure Audio".

Si en modo "Direct" sigues sin tener bajos ya habría que pensar en algún tipo de fallo o avería.

Tengo un Onkyo TX-SR504 guardado en una caja al que apenas di uso en su momento, solo unos meses y siempre en stereo en modo direct con unas viejas cajas Technics, y bajos tenía, vamos los que le permitían las cajas.