Hola, cuando dices que los frontales te los ha dejado "así" (planos), lo que está pasando es que en el modo que has calibrado la memoria 3 (front align) ecualiza el resto de altavoces para que queden como los frontales.

No es que los haya "dejado planos" porque su respuesta sea perfecta, es que los ha usado como referencia para los demás. En el manual de Pioneer te lo explica. Personalmente uso el modo All Channel Adjust que te ecualiza todos los canales.

En cuanto a la frecuencia de crossover, lo recomendado teniendo subwoofer son 80hz, sin tenerlo no tengo ni idea de lo que hace el AVR; algún tipo de redirección de esas frecuencias, pero ¿a dónde? ¿a los frontales? ¿a todos? ni idea.