Vamos por partes...
No, no es que sea mejor por Línea que por LFE, ni al contrario. Lo que es mejor (más ganancia a misma amplificación) es conectar por línea a las dos entradas (roja/blanca) que solo a una.
Efectivamente, por LFE el crossover del sub no funciona, pues el canal LFE de las pistas X.1 puede contener frecuencias por encima del corte. En cualquier caso, siempre manda el crossover del AVR, por lo tanto en el sub siempre la ruedecilla al máximo, conectes como conectes. Ten en cuenta que la música estéreo no lleva pista LFE.
Yo te sugiero que hagas pruebas conectando a LFE y LINE y elijas la que mejor respuesta te de.
Saludos