Los ecualizadores, normalmente, funcionan con una señal X que entra (IN) por RCA, y saca el sonido ecualizado por salidas RCA (OUT).

Ese suele ser su arquitectura, y salvo algunos con más entradas/salidas, esta es su base de conexión.

Dicho esto, para un uso de ATMOS quitaría todo y conectaría las cajas directamente al AVR y dejaría al receptor su ecualización midiendo en tu sala, y no a ojo (oído) con esos ecualizadores analógicos.