Creo que los Dune detectan el charset automáticamente y muestran los subtítulos en función de eso. Probablemente sea más un problema de la codificación del fichero en sí que algo de la configuración. Si son srt externos puedes probar a editarlos con un editor normal y ver que charset está usando y si se ven correctamente los caracteres y en caso de que no modificarlos. Si los subtítulos están incrustados en un mkv entonces tendrías que usar el mkvtoolnix o similar para extraer los subtítulos y manipularlos, pero no creo que merezca la pena.
Saludos.