El auto frame rate está bien puesto, ni se te ocurra quitarlo. Pero tienes que indicarle cómo ha de funcionar. Dile que "al empezar y parar". Luego dale un par de segundos como mínimo para que se ajuste (está en otro menú). Supongo que te desaparecerá el corte inicial. En realidad yo lo sigo teniendo con audios HD.