Al actualizar a la versión 4.2, me ha surgido el fallo de las carátulas y demás archivos mezclados que comentas. Por eso justamente (junto con alguna otra cosilla) he vuelto a la versión que tenía anteriormente y se acabaron los problemas.

Respecto a las carátulas, yo no utilizo el jukebox. Grabo todas las pelis en una carpeta (las tengo agrupadas por género) y luego con el botón de info busco la carátula y la sinopsis. De esta forma veo todas las pelis con su carátula (igual que en el jukebox) y al pulsar info leo la sinopsis y todos los datos.

Saludos