Vamos por partes, como decía Jack ;-)

Fr es la frecuencia de resonancia, aquella a la que vibra, por ello tenerla baja, alejada de las frecuencias que nuestro propio sistema genera, para que no resuene y evitar transmitir esas posibles vibraciones.

Alguna cosa más a considerar, ya que tus cajas tienen réflex por debajo, se me ocurre que con más motivo, el soporte debería ser un sistema lo más abierto posible, es decir, la base superior en lugar de una tabla, me haría un bastidor hueco al centro, algo parecido a esto:



Este tipo de soportes tan abierto, es el ideal, al margen de las vibraciones, por las reflexiones y difracciones de las ondas sonoras que genera la propia caja, es lo más neutro posible (lo más cercano a "suspender" las cajas en el aire).

De las almohadillas que mencionas, si te es fácil añadirlas bien, en otro caso no te compliques que no creo que marquen mucha diferencia respecto a lo que supone el peso y desacoplo de la estructura en conjunto al suelo y con las cajas.

Saludos.